Bağışıklık sistemi, vücudun, patojenleri fark ederek yok eden, savunma sistemidir. HIV bağışıklık sistemini zayıflatır. Böylelikle, sık rastlanan patojenler bazı enfeksiyonlara ve/veya hastalıklara yol açabilir. HIV tedavisi bağışıklık sistemini güçlendirir.