Samalla kun hiv-lääkkeet pitävät hivin hallinnassa , ne saattavat vaikuttaa elimistöön myös muilla tavoilla. Kaikkia ylimääräisiä tai ei-toivottuja vaikutuksia kutsutaan haittavaikutuksiksi. Yleisimmät haittavaikutukset johtuvat siitä, että elimistösi totuttelee uuteen lääkkeeseen. Nämä haittavaikutukset menevät yleensä ohi muutamassa viikossa.