La surinfection: les deuxièmes infections au VIH se produisent aussi souvent que les premières

Deux études de personnes séropositives dans la région du Rakai, en Ouganda et à Mombasa, au Kenya, présentées lors de la 19eme Conférence sur les Rétrovirus et Infections Opportunistes montrent que le taux d’acquisition d’une deuxième souche ultérieure de VIH était environ le même que le taux d'incidence du VIH dans la population générale.

C'est ce qu'on appelle une surinfection. Elle doit être distinguée de la double infection, où une personne acquiert deux souches différentes de VIH en même temps (ce qui est assez fréquent) et de la divergence virale, où une personne acquiert une souche de VIH qui se diversifie en souches différentes à la suite d'infections chroniques, en raison des «erreurs de copie » pendant la réplication, ce qui arrive dans toutes les infections chroniques qui ne sont pas traitées.

La surinfection est d'un intérêt particulier pour les études de vaccins, car elle montre que l'infection au VIH ne confère aucune protection immunitaire générale contre l’infection avec d’autres virus du VIH, bien que certaines études aient montré que certaines personnes développent une certaine immunité au virus spécifique de leur partenaire.

Il y a peu de consensus sur la façon dont une surinfection se produit et, si c'est le cas, si elle a des conséquences sur la santé des personnes séropositives.

Les premiers cas de surinfection ont été détectés parce que dans certains cas individuels un signe clinique s'est produit, en général un saut de la charge virale, ou un échec thérapeutique parce que le second virus était une souche résistante aux médicaments, et pendant un certain temps de tels cas ont été utilisés comme un avertissement aux personnes séropositives de ne pas cesser d'utiliser des préservatifs avec des partenaires séropositifs.

Jusqu'à récemment, toutefois, nous n'avions pas le matériel génétique pour savoir si la surinfection était fréquente, et donc pour savoir s’il y avait fréquemment des conséquences néfastes.

Andrew Redd de l'Institut national des allergies et des maladies infectieuses a collaboré avec les chercheurs de l’étude de cohorte très étudiée du district de Rakai en Ouganda, pour effectuer les tests génétiques de nouvelle génération dit tests ultra-profonds de séquençage, sur des échantillons de sang prélevés à des moments différents sur les personnes séropositives.

Ils cherchaient à prouver que le VIH dans le sang de certaines personnes avaient tendance à se regrouper en deux ou plusieurs souches différentes qui ne se ressemblaient pas et qu’une seule souche avait été présente au début. Une personne n’était considérée comme ayant une surinfection que si ces deux exigences étaient satisfaites. Les tests détectaient les différences dans le p24 et dans les protéines de l'enveloppe gp41 du VIH et pouvaient détecter un virus formant 1% seulement des virus circulant dans le sang d'une personne s’ils étaient issus de sous types viraux totalement différents, ou 7% s’ils venaient du même sous-type, mais étaient génétiquement distincts.

Ils ont analysé des échantillons de sang provenant de deux périodes différentes: ceux pris au moment du diagnostic entre 1997 et 2002, puis ceux prélevés au moins deux ans plus tard, avant l’initiation du traitement antirétroviral. Ces échantillons ont été prélevés entre deux et onze ans plus tard.

Ils ont d'abord fait les tests sur onze couples où les deux partenaires avaient le VIH, mais avaient été infectés par différents sous-types et ils ont trouvé deux cas de surinfection.

Ils ont ensuite effectué le test sur les échantillons de 109 personnes et ont trouvé sept cas de surinfection. Cela équivaut à une incidence de deuxième infection de 1,44 surinfections par 100 personnes par an.

Ils ont ensuite effectué le test sur les échantillons de 149 personnes et ils ont trouvé sept cas de surinfection. Dans quatre cas, l’infection initiale et la deuxième infection étaient toutes les deux du sous type de VIH D, qui est le plus commun dans la région et trois étaient de sous-types différents.

Cela équivaut à une incidence de deuxième infection de 1,44 surinfection par 100 personnes par an, ce qui n'est pas significativement différent du taux annuel actuel d'infection dans la cohorte du Rakai, qui est de 1,15%. Toutefois les personnes séropositives dans la cohorte du Rakai ont tendance à avoir des facteurs de risque plus élevés en moyenne par rapport aux autres (par définition, puisqu’elles ont contracté le VIH). En ajustant les facteurs de risque, l’incidence actuelle annuelle du VIH dans ce groupe de personnes serait de 2,51%, soit un peu moins du double du taux de surinfection.

L'étude de la surinfection au Kenya est un projet en cours dans une cohorte de femmes travaillant dans l’industrie du sexe à Mombasa, un groupe de femmes initialement séronégatives qui ont été suivies depuis 1993 – une des études de cohorte les plus longue en Afrique. Dans cette cohorte de 2759 femmes il y a eu 311 cas d'infection au VIH au cours d’un suivi médian de cinq ans.

Cette étude a comparé des échantillons dans les six mois suivant l'infection chez les femmes séropositives de la cohorte avec des échantillons de plus de deux ans après. La méthode a examiné les différences génétiques entre les échantillons dans trois parties du génome du VIH – les gênes gag, pol et env - et a utilisé une méthode mathématique pour calculer la probabilité que les différentes séquences d'un individu soient dues à la diversification virale, ou proviennent de deux virus.

Parmi 56 femmes examinées précédemment, ils ont trouvé 12 cas de surinfection. Ils ont ensuite examiné 54 autres femmes et ils ont trouvé sept nouveaux cas de surinfection, un total de 19 cas sur 110 femmes dépistées à ce jour.

Ils ont calculé que l'incidence annuelle de surinfection chez les femmes était de 3,06%. Ceci est similaire à l'incidence du VIH, qui est actuellement de 3,25% par an.

La majorité des surinfections découvertes se sont produites dans les quatre premières années après l'infection, et huit des 19 dans les deux premières années et quatre autres dans les trois premières années. Parmi les sept autres cas, trois se sont produites à un moment indéterminé pendant les quatre premières années, une entre les années trois et quatre, et deux après cinq ans d'infection. Ce point est important parce que la plupart des études de surinfection ont tendance à se produire dans les premières années après l'infection, ce qui pourrait indiquer une réduction des comportements à risque, mais peut indiquer un élargissement de la réponse immunitaire au VIH au fil du temps.

L’investigateur Keshet Ronen de l’Institut de recherche sur le Cancer de Red Hutchinson à Seattle a commenté: "Nous ne savons pas encore si le résultat clinique pour les femmes surinfectées est différent, ou si l'incidence varie selon les sous-types." Les chercheurs vont maintenant comparer les réponses immunitaires chez les femmes qui ont été surinfectées avec celles qui ne l’ont pas été pour savoir si ces dernières ont des réponses immunitaires protectrices plus étendues.

Redd A et al. Next-generation deep sequencing reveals that the rate of HIV superinfection is the same as HIV incidence in heterosexuals in Africa. 19ème Conférence sur les Retrovirus et les Infections Opportunistes, Seattle, abrégé 58, 2012. Cet abrégé est disponible sur le site officiel de la conférence.

Ronen K et al. Detection of frequent superinfection among Kenyan women using ultra-deep pyrosequencing. 19ème Conférence sur les Retrovirus et les Infections Opportunistes, Seattle, abrégé 59LB, 2012. Cet abrégé est disponible sur le site officiel de la conférence.

Un webcast de la séance, Host and viral factors in HIV transmission, est disponible sur le site officiel de la conférence.

Traductions de Sylvie Beaumont