Un nouveau patient zéro? Les chercheurs ont peut-être découvert le transfert d’un virus de l’immunodéficience de l’animal à l’homme

Un groupe de scientifiques travaillant en Côte d’Ivoire ont peut être découvert un cas d’infection humaine avec une nouvelle souche de virus d’immunodéficience animale, dans des circonstances suggérant qu’il s’agit d’une infection directe par l’animal. La recherche a été présentée à la 19ème conférence sur les Rétrovirus et les Infections Opportunistes (CROI) à Seattle.

Il y a d’autres explications possibles pour expliquer l’apparition d’une souche de virus VIH-2 jamais observée auparavant dans une échantillon sanguin recueilli auprès d’un garçon de 8 ans, mais les chercheurs pensent que leur découverte pourrait illustrer le fait que les transmissions de l’animal à l’homme du virus de l’immunodéficience continuent de se produire de temps en temps.

Le VIH-2 n’est pas un virus particulièrement pathogène et la majorité des patients qui le contracte ne développeront probablement jamais de symptômes cliniques et il reste à voir si cette variété est transmissible ou s’il s’agira d’une seule infection à impasse, ou même si c’est un virus viable.

Le VIH-2 est un virus d’immunodéficience différent du VIH-1. Son hôte animal est le singe mangabey enfumé, natif d’un territoire couvert de forêts en Afrique de l’Ouest, s’étendant du Sénégal à la Côte d’Ivoire. Sabina Locatelli de l’Université de Montpellier en France a rappelé à la conférence qu’il existe 8 sous-espèces connues de VIH-2 (de A à H), chaque espèce représentant un transfert distinct du virus du singe mangabey enfumé (SIV_smm) à l’homme. Nous le savons parce que les souches de VIH-2 humaines sont aussi différentes génétiquement les unes par rapport aux autres que les souches simiennes et ressemblent plus aux souches simiennes qui y sont associées qu’aux souches humaines indépendantes. Seules les souches A et B du VIH-2 ont provoqué plus d’une infection unique, et les précurseurs les plus ressemblants chez les singes dans 5 des 8 souches, y compris A et B, ont été découverts dans le parc national de Taï dans le sud-ouest de la Cote d’Ivoire.

Les chercheurs ont donc analysés respectivement 776 échantillons de plasma sanguin, dans les 18 villages riverains du parc national Taï, pour des anticorps au VIH-1, au VIH-2 et aux variétés de SIV observés dans les espèces locales de singes (pas seulement les mangabeys enfumés). Lorsque les échantillons contenaient des anticorps pour les antigènes VIH-2 ou SIV,  les échantillons étaient de nouveau analysés avec un test de charge virale par PCR pour détecter les infections virales actives. En effet, la présence d’anticorps peut dans certains cas n’indiquer rien de plus que la présence de protéines virales, au lieu d’une infection active dans le sang. Les échantillons positifs au PCR étaient ensuite analysés phylogénétiquement pour déterminer la souche de VIH-2 auxquels ils appartenaient.

Le VIH-1 était assez commun parmi les villageois: 50 échantillons ont testé positifs pour le VIH-1 (7.8%). Six échantillons étaient positifs pour le VIH-2 (0.8%), ce qui se rapproche de la prévalence de VIH-2 dans la région  (environ 1-2%). Trois échantillons ont testé positifs aux anticorps des espèces SIV: un pour une souche découverte chez les singes colobes et deux pour une souche correspondant aux souches découvertes chez les mandrills. Aucune de ces trois souches n’a été positive par PCR, indiquant que l’organisme des villageois réagissait au transfert passif des antigènes des virus simiens circulant dans leur sang, mais qu’il n’y avait pas d’infection virale active. L’âge de 5 personnes sur les 6 qui avaient un échantillon positif aux anticorps du VIH-2 allaient de 40 à 70 ans, indiquant qu’une vague historique d’infections au VIH-2 de type A/B ne se propageait probablement plus, comme d'autres études l’ont montré.

Seuls trois des échantillons de VIH-2 ont eu un résultat positif au test par PCR, indiquant une infection active. Deux de ces échantillons correspondaient aux souches A et B, une chez un homme de 60 ans et l’autre chez une femme de 40ans.

Le troisième virus était une nouvelle souche. Elle ressemblait beaucoup plus à certains types de SIV_smm plutôt qu’aux souches humaines du point de vue de sa protéine p24, mais curieusement, la protéine d’enveloppe gp41 contenait un mélange de séquences génétiques humaines et simiennes.

De plus, il a été découvert chez un petit garçon de 8 ans. D’òu venait-il ? S’il s’agissait du VIH-2 la conclusion évidente aurait été qu’il venait de sa mère, mais la transmission du VIH-2 de la mère à l’enfant est virtuellement inconnue, ce qui est un des facteurs limitant sa propagation. Une autre cause aurait pu être l’utilisation de matériel médical non stérilisé. Toutefois, l’explication la plus probable semble être l’infection de l’animal à l’homme, en particulier parce que les trois test positifs d’anticorps SIV ont indiqué que le virus simien pouvait fréquemment pénétrer l’organisme humain, par des coupures, des morsures, ou des coups de griffes,  sans provoquer d’infection.  

Les singes sont souvent chassés : non seulement il y a un commerce important de viande dans la région, mais les petits singes comme les mangabeys sont aussi souvent gardés comme animaux de compagnies et un enfant peut contracter un virus simien, en aidant à tuer un singe ou en jouant avec un animal de compagnie.

D’autres échantillons doivent être prélevés et analysés avant de pouvoir déterminer avec clarté l’origine du virus, y compris un échantillon provenant de la mère de l’enfant. Nous ne savons pas encore si ce virus, s’il provient bien en effet d’un singe, est transmissible entre hommes. Sa nature recombinante apparente est intrigante: était-ce un virus simien et des séquences humaines ont facilité l’infection? Ou des infections successives de VIH et de SIV qui se sont combinés dans l’organisme du garçon ?  Sa présence montre que des virus de l’immunodéficience sont peut-être toujours en train de passer de temps en temps de l’animal à l’homme, et la prévalence locale élevée de VIH-1 montre que les conditions nécessaires à leur propagation persistent dans de nombreuses régions.

Ayouba A et al. Identification of a new HIV-2 lineage in rural Côte d’Ivoire: an additional cross-species transmission from SIV_smm from sooty mangabeys to humans. 19ème Conférence sur les rétrovirus et les infections opportunistes, Seattle, abrégé 62LB, 2012. Cet abrégé est disponible sur le site officiel de la conférence.

Un webcast de la séance, Host and viral factors in HIV transmission, est disponible sur le site officiel de la conférence.

Traductions de Sylvie Beaumont